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Wappen
(LK) = Landkreis
(S) = Stadt
(G) = Gemeinde
(SB) = Stadtbezirk
(Ot) = Orts-/Stadtteil
In Silber (Weiß) ein aufgerichteter, rot bewehrter und rot bezungter schwarzer Bär, in den Vorderpranken einen von Gold (Gelb) und Grün geteilten Schild haltend.
Zwei Schenkungsurkunden des Klosters St. Gallen aus dem 8. Jahrhundert, die älteste von 786, erwähnen Dorf und Kirche Merzhausen. Der Ortsname, dessen älteste Formen Meresusir und Merishusum lauten, dürfte von einem Personennamen abzuleiten sein. Mit dem Aussterben der Zähringer, die den St. Galler Besitz an sich gebracht hatten, gelangte die Herrschaft über den Ort an die Grafen von Freiburg und nach 1368 an die Herzoge von Österreich. Sie war als Lehen in der Hand von Freiburger Patrizierfamilien und verschiedenen Adelsgeschlechtern. 1522 tritt Junker Gabriel Schnewlin Bernlapp von Bollschweil als Gerichtsherr zu Merzhausen auf, Mitte des 16. Jahrhunderts befand sich die Herrschaft im gemeinsamen Besitz der Herren von Reischach und von Bollschweil. 1635/37 gingen die Herrschaftsrechte an das Jesuitenkolleg zu Freiburg über, bis sie 1775 nach der Auflösung des Kollegs wieder an die Freiherren von Bollschweil kamen. 1805 wurde Merzhausen mit dem vorderösterreichischen Breisgau badisch und gehörte seit 1810 zum Landamt, ab 1864 Amtsbezirk und seit 1939 Landkreis Freiburg. Am 24. August 1971 bildete Merzhausen mit Horben, Sölden und Wittnau die Verwaltungsgemeinschaft „Hexental“.
Im 16. Jahrhundert ist ein Gericht unter dem reischach-schnewlinschen Vogt oder einem Stabhalter mit sechs bis sieben Urteilssprechern belegt. Eine Urkunde von 1582 nennt fünf Urteilssprecher aus Merzhausen und zwei aus Biezighofen. Ein eigenes Siegel führte die Gemeinde Merzhausen damals noch nicht.
Das erste Siegel wurde 1660 gestochen und bis ins 19. Jahrhundert hinein verwendet. Es trägt die Umschrift DIE.GEMEIN.MERTZHAVSENN.1660 und eine szenische Darstellung: aus einem am linken Siegelrand vor einem Baum stehenden Fachwerkhaus springt ein Tier auf einen am rechten Rand stehenden Baum zu. Das Haus trägt das Zeichen des Mars. Ein hinter dem Haus herausragender Gegenstand könnte als Kriegstrompete gedeutet werden. Der Monat März ist nach dem römischen Kriegsgott Mars benannt. Somit wäre das Siegelbild mit Haus und dem Zeichen für Mars eine volksetymologisch „redende“ Umsetzung des Ortsnamens Merzhausen. Ob mit dem Haus die sogenannte „Marskapelle“ gemeint ist, die bis ins 18. Jahrhundert in einem in römischer Zeit dem Kriegsgott geweihten Hain zu Merzhausen gestanden haben soll, bleibe dahingestellt. Das springende Tier kann als Hund oder eher als Pferd angesehen werden. Im letzteren Fall liegt es nahe, ebenfalls ein Wortspiel mit „Mähre“ (= Pferd) und dem Ortsnamen zu vermuten.
Die im 19. Jahrhundert verwendeten Farbstempel mit dem gleichen Motiv sind von schlechter Qualität. Sie wurden anläßlich der Überprüfung der Gemeindesiegel durch das Generallandesarchiv um 1900 von einem Stempel abgelöst, der sich in der Zeichnung stark an das älteste Siegel anlehnt und das Tier eindeutig als Pferd darstellt. Nach dem Zweiten Weltkrieg erscheint das Siegelbild in einem Wappenschild, ohne daß es bis dahin zur regelrechten Annahme eines Wappens gekommen wäre.
Das heute geführte Wappen ist 1964 vom Gemeinderat auf Vorschlag des Generallandesarchivs gewählt und mit der Flagge vom Innenministerium am 16. Januar 1964 verliehen worden. Es weist mit dem Bär von St. Gallen auf die einstigen Besitzungen dieses Klosters im Ort hin. Der Wappenschild, der von dem Bären gehalten wird, ist das Wappen der Familie von Schnewlin. Im übrigen erscheinen der hl. Gallus und der Bär seit jeher im Siegel der Pfarrei St. Gallus zu Merzhausen.