In Grün eine aus einem fünfmal von Blau und Silber geteiltem Wellenschildfuß wachsende Schildkröte.
1934 wurde die Gemeinde Werlsee in Grünheide umbenannt. Als Ortswappen wählte man die Abbildung von Wasserwellen mit einer Sumpfschildkröte. Die Wasserwellen symbolisieren die Gemeinde umgebenden Wasserläufe. In denen lebte die Europäische Sumpfschildkröte bis weit in das 20. Jahrhundert.
Das Wappen wurde vom Erfurter Heraldiker Frank Diemar gestaltet und am 22. Dezember 1995 durch das Ministerium des Innern genehmigt.