In silbernem Schild mit blauem Wellenschildfuß, belegt mit vier silbernen Wellenfäden, eine rote gezinnte Brücke, die durch zwei spitzbedachte und beknaufte Türme, welche mit Zinnen, Zwischendächern, Simsen und schwarzen Schießscharten und Spitzfenstern bedeckt sind, in drei gleichmäßige Bögen unterteilt ist. Die beiden äußeren Bögen sind als Halbbögen dargestellt. Auf dem Schild ruht eine rote dreitürmige Mauerkrone, deren mittlerer Turm mit dem Berliner Wappenschild belegt ist.
Für den im Rahmen der Bezirksfusion vom 1. Januar 2001 entstandenen neuen Bezirk Friedrichshain-Kreuzberg wurde die Schaffung eines neuen Wappens in Auftrag gegeben. Im Februar 2002 wurde ein Entwurf des Bezirks vom Senat gebilligt, da die Bezirksverordnetenversammlung aber über diesen Entwurf noch nicht abgestimmt hatte, konnte es nicht genehmigt werden. Dieses Wappen entsprach weitestgehend dem Wappen Friedrichshain. Die Brücke wurde ein wenig verändert und über dem Mittelbogen der Brücke schwebend ein schwarzes tatzenkreuzförmiges Hochkreuz für den Bezirk Kreuzberg eingefügt. Dieser Entwurf fand jedoch kein Zustimmung, so dass das Wappen noch einmal überarbeitet werden musste.
Am 7. Oktober 2003 wurde das jetzige Wappen vom Berliner Senat dem Bezirk Friedrichshain-Kreuzberg verliehen. Die Beschreibung (Blasonierung) siehe oben. Der blaue Wellenfuß des Schilds symbolisiert die Spree, die einerseits die beiden Ortsteile teilt, und die rote Brücke symbolisiert die Oberbaumbrücke, die andererseits die beiden Ortsteile wieder miteinander verbindet.