In Rot auf blau-silbernen Wellen segelnd ein silbernes Vollschiff mit gerefften Bramsegeln am Fock- und Kreuzmast.
Mit dem 11. April des Jahres 1870 wurde Elmshorn zur Stadt erhoben. Im Januar des Jahres 1877 richtete die königliche Regierung in Schleswig-Holstein ein Schreiben an die Stadt Elmshorn, in welchem es unter anderem hieß, man solle, „...falls ein solches vorhanden, eine Zeichnung und Beschreibung des Wappens der Stadt mit thunlichster Beschleunigung einreichen“. Bis zu dieser Zeit gebrauchte man auf Siegeln und Stempeln der Stadt das holsteinische Nesselblatt; ein eigenes Stadtwappen wurde bis zu diesem Zeitpunkt nicht geführt.
Aus mehreren Entwürfen des damaligen Sekretärs des Germanischen Museums in Nürnberg (Freiherr von Weißenbach) wurde vom städtischen Kollegium Elmshorns am 23. Juni 1877 eine Skizze angenommen. Sie zeigte „in rot das silberne holsteinische Nesselblatt, über welches ein blauer, schrägrechter, in der Mitte stark nach links oben ausgebogener Fluss hineingezogen“ war.
Dieses Wappen hatte allerdings nur bis zum Jahre 1899 Bestand. Am 30. Juli 1897 erfolgte eine Anfrage der Regierung an die Stadt Elmshorn, „ob dieses zur Führung dieses Wappens eine obrigkeitliche Genehmigung besitze“. Der Magistrat beantwortete diese Frage mit der Erklärung, dass eine solche Genehmigung bisher nicht erfolgt sei. Das hierauf zur heraldischen Prüfung eingesandte Wappen wurde wegen des holsteinischen Nesselblattes sofort kritisiert, „... da bei der Wahl neuer Städtewappen die Wappen der ehemaliger Territorialherren grundsätzlich thunlichst außer Betracht bleiben sollen“. In der ergangenen Erklärung des kaiserlichen Heroldsamtes vom 30.09.1899 wurde gegen die Führung eines gekrümmten Flusses im Schilde – im Anklang an die Namensableitung Elveshorn = Krümmung der Elbe - kein Einwand erhoben. Das holsteinische Nesselblatt durfte allerdings nicht mit in das Wappen aufgenommen werden.
Mit dieser Regelung war die Stadt Elmshorn nicht einverstanden. Sie sandte einen Bericht an die Regierung und wies darauf hin, dass das bisherige Wappen nicht aus den 70er Jahren stamme, sondern schon vor 1821 geführt wurde, als Elmshorn noch Kirchspielvogtei war und unter dänischer Herrschaft stand. Trotz dieser Begründung versagte die kaiserliche Regierung der Stadt Elmshorn abermals die Anerkennung des Nesselblattes und damit verbunden die Aufnahme dessen in das Stadtwappen.
Professor Kirmis aus Nürnberg war es, der vorschlug, von der Idee des „redenden Wappens“ Abstand zu nehmen und ein „bezeichnendes Wappen“ zu wählen: Elmshorn baute früher Grönlandschiffe. Die Stadtvertretung stimmte zu und beauftragte Kirmis, einen Entwurf auszuarbeiten und diesen der Stadt zu übersenden. Der von Kirmis hierauf eingereichte Entwurf zu einem neuen Stadtwappen zeigte ein geschlossenes Stadttor mit Zinnentürmen und Seitenmauern, davor einen gekrümmten Flusslauf, auf dem ein Segelschiff zu sehen war.
Da das königliche Heroldsamt in Berlin im Juli 1903 die recht landschaftlich gehaltene Zeichnung als Wappenentwurf ablehnte und auch zusätzlich die Schiffbarkeit der Krückau für einen Dreimaster der dargestellten Größe anzweifelte, begann die „Wappenmotivsuche“ erneut.
Als sachverständiger Heraldiker wurde der Stadt Elmshorn der Berliner Professor Adolf Hildebrandt empfohlen. Im August 1903 bat der Magistrat unter Übersendung aller Aktenvorgänge Professor Hildebrandt um Vorlage eines Entwurfes. Eine der von ihm hierzu eingereichten Schriften zeigte einen im roten Schilde auf blauen Wellen dahinsegelnden Dreimaster mit vollen Segeln. Dieser Vorschlag wurde am 20.11.1903 von Kaiser Wilhelm II. persönlich genehmigt. In dieses Wappen wurde die Mauerkrone übernommen, die damals in die Wappen aller neuen Städte aufgenommen werden musste. Die Nachricht über die Genehmigung des Wappens traf am Weihnachtsabend des Jahres 1903 in Elmshorn ein; die Stadt hatte nunmehr endlich ein amtlich bestätigtes Stadtwappen.
In den fünfziger Jahren wurde dann die damals „verordnete“ Mauerkrone immer mehr als nutzloses und stilfremdes Beiwerk angesehen, da die Stadt in ihrer Geschichte niemals eine Stadtmauer besessen hatte. Auf Anfrage der Stadtverwaltung brachte das Schleswig-Holstein Landesarchiv in Schleswig in seinem Schreiben vom 05.10.1953 zum Ausdruck, dass die damals eingefügte Mauerkrone nicht als Bestandteil des Wappens anzusehen ist und somit fortgelassen werden könne. Hieraufhin entschloss sich das Stadtverordneten-Kollegium im Dezember 1953, die oben erwähnte Mauerkrone aus dem Wappen der Stadt Elmshorn entfernen zu lassen. Einem Entwurf des Brunsbüttler Heraldikers Lippert folgende, entstand die heutige Form des Wappens, welche am 23. Juni 1954 vom Innenministerium des Landes Schleswig-Holstein per Erlass genehmigt wurde. Es soll mit seiner Darstellung eines Vollschiffes die Erinnerung an die um 1870 gebaute „Flora“, ein Walfangschiff, welches von den Elmshorner „Grönlandfahrern“ auf zahlreichen Fangfahrten in die Arktis eingesetzt wurde, aufrechterhalten.